Stammbaum aus DNA rekonstruieren
-
Hi,
angenommen, man hat die DNA von mehreren verwandten Spezies und möchte ihren wahrscheinlichsten Stammbaum rekonstruieren -- wie heißt das Verfahren dazu?
-
Multiples alignment?
Verfahren gibt es viele...
-
by the hammer
-
so was?
http://de.wikipedia.org/wiki/Synthetische_Evolutionstheorie
http://de.wikipedia.org/wiki/Genetische_Genealogie
http://de.wikipedia.org/wiki/Genealogie
-
Obama ist im Moment schwer in und in Berlin haben sie Verwandschaft gefunden.
Willst Du Vice Presi werden ? :-)))
-
Prof84 schrieb:
so was?
http://de.wikipedia.org/wiki/Synthetische_Evolutionstheorie
http://de.wikipedia.org/wiki/Genetische_Genealogie
http://de.wikipedia.org/wiki/Genealogiedas ist mir schon viel zu allgemein
die geschichte ist folgende: ich habe einen vortrag gehört, bei dem stammbäume gezeigt wurden, die anhand von dna von (jetzt lebenden) fischen erstellt wurden. die hießen bayes--irgendwas--stammbäume. multiple sequence alignment ist, so wie ich das verstehe, sowas wie diff für erbgut; gibt also noch keinen fertigen stammbaum (d.h., reihenfolge der artentrennung)?
-
Die Stammbaeume nennt sich "Phylogenetische Baeume", und es gibt mehrere heuristische Algorithmen, mit denen du welche konstruieren kannst. Wikipedia ist dein Freund:
http://en.wikipedia.org/wiki/Phylogenetic_tree#Construction
http://en.wikipedia.org/wiki/Computational_phylogeneticsIIRC zu den besseren Methoden (und nicht allzu schwer zu implementieren) sind Neighbor-Joining Methoden:
http://en.wikipedia.org/wiki/Neighbor-joining
EDIT:
,./|},. schrieb:
die geschichte ist folgende: ich habe einen vortrag gehört, bei dem stammbäume gezeigt wurden, die anhand von dna von (jetzt lebenden) fischen erstellt wurden. die hießen bayes--irgendwas--stammbäume. multiple sequence alignment ist, so wie ich das verstehe, sowas wie diff für erbgut; gibt also noch keinen fertigen stammbaum (d.h., reihenfolge der artentrennung)?
Dann wurde wahrscheinlich eine Bayes- bzw. Maximum-Likelihood-Methode verwendet (siehe Wikipedia)
Und "Sequenzalignment" ist eher sowas wie ein "invertiertes" diff fuer Erbgut: anstatt die Unterschiede zu suchen, suchst du die Gemeinsamkeiten. Und _Multiples_ Alignment ist das Gleiche fuer mehr als 2 Sequenzen. Aus so einem MSA kann man dann Phylogenetische Baeume ableiten - es gibt aber auch Methoden, die ohne MSA auskommen (was praktisch ist, denn "perfektes" MSA ist NP-hart
). Maximum-Likelihood ist so eine Methode.
-
Blue-Tiger schrieb:
(was praktisch ist, denn "perfektes" MSA ist NP-hart
).Schwer, es ist NP-schwer.
