Java Native und Installationsfile

Hallo,
ich habe eine Java App, die ueber ein JNI Interface mit einem anderen Prg zusammenarbeitet. Wenn man diese installiert werden zunaechst die entsprechenden .dll/.so kompilieren und die JVM benoetigt dann beim Start die Pfade zu den .dll/.so Dateien als Umgebungsvariable LD_LIBRARY_PATH.

Gibt es einen anderen Weg, etwa ueber den Java Code entsprechende Pfadangaben der JVM zu uebergeben, weil die Installation des ganzen imo immer etwas umstaendlich ist?

Momentan versuche ich mir damit zu behelfen, ein Makefile fuer die .dll/.so's zu schreiben, was das ganze etwas vereinfachen soll, nur unter Windows muesste das doch dann sowas wie bspw ne Setup Datei auch machen koennen, gibts sowas fuer Java? Gibt's sowas wie make fuer windows oder muss man dann die Benutzer dazu zwingen cygwin zu installieren?

Welche Moeglichkeiten gibts da?