bioinformatik

[Gregor]

Blue-Tiger schrieb:

Wenn du Bioinf studierst solltest du eigentlich die Geschichte derselben sowieso mitkriegen, so alt ist die Bioinformatik ja noch nicht

Ach, im Prinzip kann man bei solchen Geschichtsrückblicken ziemlich weit gehen. Zum Beispiel bis Muhammad ibn Musa, Abu Dscha'far al-Chwarizmi.

[Jester]

Gregor schrieb:

Blue-Tiger schrieb:

Wenn du Bioinf studierst solltest du eigentlich die Geschichte derselben sowieso mitkriegen, so alt ist die Bioinformatik ja noch nicht

Ach, im Prinzip kann man bei solchen Geschichtsrückblicken ziemlich weit gehen. Zum Beispiel bis Muhammad ibn Musa, Abu Dscha'far al-Chwarizmi.

allerdings verlässt man dann den Bereich Bioinformatik.

[Gregor]

Jester schrieb:

allerdings verlässt man dann den Bereich Bioinformatik.

Meinst Du, Algorithmen sind kein zentraler Bestandteil der Bioinformatik?

[Jester]

Gregor schrieb:

Jester schrieb:

allerdings verlässt man dann den Bereich Bioinformatik.

Meinst Du, Algorithmen sind kein zentraler Bestandteil der Bioinformatik?

jaja, lass gut sein.

"Ich möchte mich mit der Geschichte Deutschlands auseinandersetzen".
"Hier: http://de.wikipedia.org/wiki/Atom"
"Das hat aber eigentlich nichts mit Deutschland zu tun"
"Meinst Du, Atome sind kein zentraler Bestandteil Deutschlands?"

aber ja, Du hast recht. Algorithmen sind ein zentraler Bestandteil der Bioinformatik. Darf ich jetzt wieder spielen gehen?

[bachelor of life science]

jop also produkte gibts einiges tolles
die meisten als kostenlose webservices

da wär als erstes natürlich die NCBI homepage. umfassendere datenbankensysteme und applikationen gibts fast nicht. da kannst du vom einfachen BLAST bis zum Structure Based Sequence Alignment alles haben:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
daneben die europäischen und japanischen seiten, die sind nicht ganz so toll:
http://www.ebi.ac.uk/
http://www.ddbj.nig.ac.jp/
ExPASy vom SIB sollte man auch kennen:
http://www.expasy.ch/

mit Lasergene mach ich meine klonierungskarten und das primerdesign:
http://www.dnastar.com/products/lasergene.php

Chimera ist ein tool für 3d strukutrenm, ist ganz gut, damit kannst du mal rumspielen, macht spass
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

BioDyn ist ein Programm für Biologische Netzwerke und Systembiologie. Auch ganz interessant:
http://cbbl.imim.es:8080/ByoDyn

sicher im auge behalten sollte man Bioclipse. das könnte echt mal ne umfassende suite werden:
http://www.bioclipse.net/

jo und sonst gibts da noch die 2387 projekte auf sourceforge..
http://sourceforge.net/softwaremap/trove_list.php?form_cat=252

und immer fleissig journals lesen um auf dem neusten stand zu bleiben:
http://www.bioinformatics.fr/journals.php

jobmässig sinds halt oft stellen in der forschung (zeitlich begrenzt oder post-doc). aber es gibt sicher viele möglichkeiten. bei uns in der firma pflegen die beiden cheminformatiker vor allem die struktur-datenbanken (über 1 mio chemische verbindungen und naturstoffe) und fixen bugs in der daten-auswertungs software, die selbst gebastelt ist. nebenbei lassen sie auswahlverfahren laufen (qsar, docking studien und sowas) und die haben ne nette silicon graphics kiste am laufen. so eine wie die auf dem bild: http://cancer.ucsd.edu/mic/equipment_clip_image002.jpg

also so wie ich das sehe gibst schon für sehr viele anwendungen lösungen, oder dann sind es ganz spezielle probleme wo man was selber bastelt.
da kommt aber noch jede menge in den nächsten jahren. high troughput screening und array experimente (Lab On A Chip) produzieren immer grössere daten mengen. das genom ist zwar entschlüsselt aber die funktionen sind noch weitgehend unbekannt. aktuell gehen die bestrebungen dahin, eine komplette in silico zelle zu machen. für E.coli gibts schon ein paar modelle, die den ganzen metabolismus und seine regulation beinhalten. das ist ein drittel des genoms als simulation. da werden an der front kluge köpfe gebraucht.

btw: ich bin grad am überlegen, ob ich meinen master in Computational Biology mache oder bei der Molecular Life Science bleibe. kannst du mir da tips geben?
eigentlich schaff ich ganz gern im lab, aber programmieren tu ich auch sehr gern. frag mich nur ob das dann nicht zu info lastig ist..

[Blue-Tiger]

bachelor of life science schrieb:

btw: ich bin grad am überlegen, ob ich meinen master in Computational Biology mache oder bei der Molecular Life Science bleibe. kannst du mir da tips geben?
eigentlich schaff ich ganz gern im lab, aber programmieren tu ich auch sehr gern. frag mich nur ob das dann nicht zu info lastig ist..

Ich mach grad meinen Master in Bioinformatik. Programmiert wird bei uns eigentlich sehr wenig, bis auf einige Datenvorbereitungs- und -auswertungsscripte oder rumbasteln in Computer-Algebra-Systemen.
Das haengt allerdings sehr, sehr stark von der Uni ab, auf der du studierst. Wenn ich mir den Stundenplan des Threaderstellers in Bayreuth anschau, dann haben die einen sehr starken Focus auf Chemie. An meiner Uni wird mehr auf Machine Learning und Datenanalyse Wert gelegt. Anderswo legt man mehr Wert auf Algorithmik/Sw-Entwicklung. Durch gezielte Wahl des Studienortes kannst du IMO relativ gut Dosieren, wie Infolastig dein Studium werden soll.

[BSc life]

Blue-Tiger schrieb:

...

hast du denn nen bio background?

das problem an meiner uni is, dass der studiengang erst 2009 eingefuehrt wird. da gibts noch nicht viele infos. ansonsten ist basel natuerlich als life science standort gut etabliert.

[Blue-Tiger]

BSc life schrieb:

Blue-Tiger schrieb:

...

hast du denn nen bio background?

das problem an meiner uni is, dass der studiengang erst 2009 eingefuehrt wird. da gibts noch nicht viele infos. ansonsten ist basel natuerlich als life science standort gut etabliert.

nope, meinen BSc hab ich in Informatik gemacht. (und den Bioinformatik-MSc gibts bei uns auch noch nicht allzu lang, gut moeglich dass meine Einschaetzungen/Aussagen nicht immer 100%ig richtig sind ).

[BSc life]

hm irgendwie sagen mir alle, es waere leichter mit nem biostudium und programierkenntnissen einzusteigen als mit informatik studium.
die molekularen zusammenhaenge muss man ja auch verstehn. hast du da keine probleme?

ich frage mich, wie es in 5 jahren aussieht. jetzt wo es ueberall spezialisierte bioinformatik abschluesse gibt, ist es sicher schwieriger quer einzusteigen als programierender biologe.
schlussendlich sollte man aber nicht nur drauf achten, wie das jobangebot ist, sondern was einem spass macht, oder nicht?

wie ist das eigentlich, wenn man sein hobby zum beruf macht? hat man da noch lust auf private projekte?

[Blue-Tiger]

BSc life schrieb:

hm irgendwie sagen mir alle, es waere leichter mit nem biostudium und programierkenntnissen einzusteigen als mit informatik studium.
die molekularen zusammenhaenge muss man ja auch verstehn. hast du da keine probleme?

Kann ich nicht beurteilen. An unserer Uni sinds eher die Biologen, die Probleme hatten mitzuhalten, weil sie mit der vielen Mathe nicht zurecht kamen. Aber wie gesagt kommt das ganz drauf an, wie die Uni (bzw. der Studienplan an der Uni) ausgelegt ist.
Bei uns gibts zwar selbstverstaendlich die notwendigen Grundlagenvorlesungen in Chemie, Molekularbiologie, etc., aber es fehlt immer mal wieder an Detailwissen ("die Fragmentieren die DNA mit Methode X, wie funktioniert die ueberhaupt?/kann die die fehlerhaften Daten erklaeren?"). Das ist meistens okay, da kann man sich noch einlesen. Ich hatte bisher nie das Gefuehl, dass mir etwas "vom biologischen her" zu schwer/unverstaendlich gewesen ist. Andrerseits gibts Bereiche der Bioinformatik, von denen ich einfach weiss, dass mir da das noetige (Life-Science) Wissen fehlt, um was in dem Bereich angehen zu koennen.