Molekulare Modellierung



  • Ich wieß leider nicht, welches Forum hier das richtige ist.

    Ich suche Bücher/Quellen Tutorials zum Thema Molekulare Modellierung.

    Im Moment habe ich das Buch Molecular Modeling von Leach.

    Themengebiete zu denen ich Infos bräuchte:

    Kraftfelder
    Periodic Boundaries Condition
    Monte Carlo Titration (<- wichtig)
    Brownsche Dynanik
    Poisson Boltzmann Gleichung (inklusive leicht verständlicher Herleitung)
    Ligandenbindung, irgendwas mit Charges on a grid und Gridartefakten, dieses Kapitel ist absolut unverständlich für mich
    Generell Elektrostatik in der Chemie

    Zum Thema Krafdtfelder hab ich schon recht gute Informationen und laube auch alles verstanden zu haben.
    Der Rest ist mir leider noch etwas schleierhaft.



  • Sag mal, was Du vorhast? 😋



  • Dieser Thread wurde von Moderator/in rüdiger aus dem Forum Themen rund um den PC in das Forum Mathematik und Physik verschoben.

    Im Zweifelsfall bitte auch folgende Hinweise beachten:
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  • Was ich vorhab?

    Nur eine mündliche Prüfung überstehen 🙂



  • shisha schrieb:

    Was ich vorhab?

    Nur eine mündliche Prüfung überstehen 🙂

    Ach so. Aber dann sollte die in Frage kommende Literatur doch von der entsprechenden Vorlesung abhängen. Da wurden bestimmt diverse Bücher genannt. Ich glaube nicht, dass es Dir da hilft, wenn hier jemand ins Blaue hinein rät, was Du am Besten lesen solltest.

    Ein Bereich wie die molekulare Modellierung ist sehr groß. Wenn sich mehrere Leute damit befassen, dann ist es recht wahrscheinlich, dass sie unterschiedliche Sichtweisen und Schwerpunkte in dem Bereich vertreten. Ich beschäftige mich nicht damit, aber mit einem Bereich, der damit teilweise überlappt. Ich modelliere eher Festkörper und in dem Zusammenhang sehe ich erstmal überall Dichtefunktionaltheorie. Bei der Simulation von Molekülen wird die auch eingesetzt. Aber die Realisierungen und Schwerpunkte sehen komplett unterschiedlich aus.



  • Leider wurden keine Bücher in der Vorlesung genannt.
    Schon in der vorhergehenden Prüfung musste ich ins Blaue hinein lernen.

    Der Lehrstuhl, der die Vorlesung hielt ist Biomakromoleküle, weshalb vor allem Proteine eine Rolle spielen werden.

    Unter anderem auch die Titration von Aminosäuren per Monte Carlo.
    Deshalb suche ich eben zu allen Themen oben Bücher, welche halbwegs leicht verständlich sind.

    Den Stoff, den ich benötige kann ich dann selbst extrahieren, immerhin erkenne ich das meiste, wenn ich es vor mir habe.

    Geabrbeitet haben wir mit charmm, mead und mcti, falls das weiterhilft



  • shisha schrieb:

    Leider wurden keine Bücher in der Vorlesung genannt.
    Schon in der vorhergehenden Prüfung musste ich ins Blaue hinein lernen.

    Der Lehrstuhl, der die Vorlesung hielt ist Biomakromoleküle, weshalb vor allem Proteine eine Rolle spielen werden.

    Unter anderem auch die Titration von Aminosäuren per Monte Carlo.
    Deshalb suche ich eben zu allen Themen oben Bücher, welche halbwegs leicht verständlich sind.

    Den Stoff, den ich benötige kann ich dann selbst extrahieren, immerhin erkenne ich das meiste, wenn ich es vor mir habe.

    Geabrbeitet haben wir mit charmm, mead und mcti, falls das weiterhilft

    Wie wär's damit, mit dem Prüfer den Stoff abzuklären?



  • Die Antwort kann sich wohl jeder ausmalen: Alles was dran kam.
    Leider ist das Skript ziemlich chaotisch und keiner hat so eine wirkliche Ahnung was dran war. Ich hatte ja schonmal eine Prüfung dort und für die hab ich auch einfach alles durchgelesen, was annähernd so klöang wie das im Skript.

    Sagen wir so:
    Es ist schwierig der Vorlesung zu folgenn und nun suche ich Mittelum mir das, was im Skript unverständlich beschrieben ist, verständlich zu machen



  • 1. Vielleicht gibt es Gedächtnisprotokolle zu der Prüfung von Deinen Vorgängern. In derartigen Protokollen steht oft auch etwas zur genutzten Literatur drin.

    2. Im Zweifelsfall würde ich einfach mal zum Prof gehen und ihn fragen, ob er Dir gute Literatur nennen kann, wo diese Themengebiete drinstehen. Da kannst Du ja ganz offen sein und ihm sagen, dass Du dort ein paar Verständnisprobleme hast und deshalb gerne noch eine weitere Quelle zur Vorbereitung nutzen würdest.

    3. Ansonsten stöber halt ein bisschen auf Amazon rum. Dort kann man ja oft in die Inhaltsverzeichnisse der Bücher reingucken.

    4. Ich hoffe, die Prüfung ist noch nicht diese Woche. 😉 Denn so schnell kannst Du Dir das entsprechende Buch vielleicht nicht besorgen.



  • Danke gregor für deine Tipps, es existieren tatsächlich Gedächtnisprotokolle, leider aus einer Zeit, in der die Vorlesungen in einer anderen Form waren.
    Somit sind die protokolle für mich größtenteils unbrauchbar.

    Ich habe auch damals mal den Prof gefragt, was er für Literatur empfehlen kann.
    Seine Antwort war, dass es nur Schrott gibt und er selbst ein Buch schreiben würde 🙂

    Bis zur Prüfung habe ich noch genug Zeit, da mache ich mir keine Sorgen.


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