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Hi!
.net und MFC benutzen/kapseln die WIN API.
Das heißt, sie stellen dir eine möglicherweise komfortablerer Möglichkeit auf Dateien/Netzwerk/Speicher/Prozesse/Threads/Inter-Prozess Kommunikation/Synchronisation zu zugreifen/zu benutzen usw. zur Verfügung.
Die Low-Level Funktion zu kennen, kann für das Verständnis sinnvoll sein und ist bei Fehlerfällen sehr hilfreich. Nicht immer stehen die High-Level API's zur Verfügung, dann braucht man die Low-Level API's.
Um mal auf die schnelle eine Console App zu schreiben, ist die MFC oversized.
Außerdem sind die Low-Level API's über Jahrzehnte stabil, während sich die High-Level Bibliotheken häufig ändern.
Das Studium der API allein wird dir aber nicht weiter helfen.
Von "Charles Petzold" gibt es da was "Windows-Programmierung".
Oder "Programming the Win32 API and UNIX System Services" von "Donald E. Merusi".
Oder "Windows System Programming" von "Johnson M. Hart".
Einfach mal nach Windows System Programmierung suchen.
Gruß,
Klaus